本校藥學系的前身是成立於民國55年的大仁藥專藥學科。是台灣最南端孕育藥業人才的搖籃，由於藥學的專業領域既廣而深，所以修業年限定為五年。因應台灣的藥界生態發展，藥學教育已從傳統的「藥物」研究，提升到「人」的關懷照護，所以本系的藥學教育中加入了相當多的臨床藥學、藥事照護等以「病患關懷、社區照護」的相關課程。

　 由台灣的就業區是已走向「證照」導向，也就是文憑學歷不如專業證照。本系學生畢業後可參加國家藥師專技高考，獲通過者才能執行藥師職務，且藥學系被界定為人力管制科系，全國自北到南才設有七個藥學系，在人才稀有的情況下，通過藥師高考的應屆畢業生每個人至少有3個以上的就業選擇機會，而新鮮人的起薪平均也有四萬五千元以上的待遇，因此藥學界戲稱藥師證書是「含金量」級高的有價證劵！反應了這種社會職業現象，本系目前有超過60名以上來自全台各知名大學畢業生回流重讀藥學系，系主任謝博銓經常笑說「本校藥學系網羅了許多台成清交優秀的學生來就讀」。 更值得一提的是本校藥學系也吸引了醫師捲袍就讀，今年六月有一位醫師甫自本校藥學系畢業，並以優異成績通過藥師高考，今年又有一位屏東地區的醫師選擇本校藥學系從頭開始念起，問其所以然，這位醫師回答：對症下藥！讀醫學系是對症，現在我要好好學下藥！藥學果真有其不可說不可說的魅力。

　 台灣的中藥製藥廠有半數集中於台南高屏地區，因為地緣關係，本系的研究所也吸引了許多中藥廠的負責人或其第二代前來就讀，由本系教授指導藥廠進行中草藥科技化研究，一方面進行學術研究，取得學位，另一方面也協助自家藥廠提升製程技術或開發新產品，導入市場，可謂一兼二顧。

　 本校藥學系共有27位專業教師，其中10位是在任教期間，孜孜不倦從事學術研究，以論文著作送審通過教授資格，教授師資比例相當高，足見本校藥學系可以佇立南台灣，能為台灣的藥學教育，人才培養做出一份貢獻！